Vlad Popovici

DR. VLAD POPOVICI

Projekt: HIGEX - Výpočetní rámec pro společnou analýzu histopatologických snímků a dat genové exprese

Školitel: Assoc. Prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Hostitelská instituceInstitut biostatistiky a analýz, MU

Země původu: Rumunsko

Předchozí působiště: Švýcarsko

Délka projektu: 32 měsíců

Panel: Vědy o živé přírodě

Abstrakt

V současné době mají vědci a lékaři k dispozici baterii technik k vyšetření normálního i patologického chování živých organismů, a to v různých měřítcích a rozlišeních. Z hlediska těchto technik, které dále nazýváme modalitami, se náš současný projekt zaměřuje především na histopatologické zobrazování a genomiku a na jejich aplikace v onkologii. Tyto obory poskytují různé pohledy na biologické procesy probíhající ve tkáních v okamžiku vzorkování, což jsou pohledy, které lze kombinovat za účelem lepšího pochopení biologie nádorů a zpřesnění diagnózy. Na rozdíl od histopatologie je modalita (metoda, postup) genové exprese poměrně mladá, přičemž celogenomové technologie s vysokou výkonností se staly dostupnými až v posledním desetiletí.
Předpokládáme, že histopatologické slidy (sklíčka s mikroskopickými preparáty, vzorky) obsahují více informací, než je obvykle v rutinní diagnostické práci patology využíváno, a že kombinace digitální patologie s daty genové exprese pomůže při získávání těchto informací a výrazně zvýší diagnostické a prognostické možnosti. Kombinování těchto dvou modalit by mohlo současně vést k lepšímu porozumění biologie vývoje nádoru.
Současný návrh se zaměřuje na budování výpočetního rámce nezbytného pro společné zkoumání mikroskopických patologických snímků, genové exprese a klinických dat, a na vývoj nástrojů pro (polo-)automatickou anotaci snímků s vazbou na molekulární procesy; tento směr rovněž podporuje naše vlastní pozorování v rámci subtypizace rakoviny tlustého střeva [1].
Snímky, které mají být zkoumány, využívají metody barvení, která je v patologii nejčastější – hematoxylin a eosin (H&E); naše metody tedy nebudou nijak zasahovat do práce patologa a mohly by být rovněž aplikovány na již zhotovené patologické slidy, které jsou uloženy v archivu. Práce se zaměří na konkrétní případ rakoviny tlustého střeva, avšak vyvinutý výpočetní rámec bude použitelný obecně.
Výsledky tohoto projektu budou mít přímý prospěch pro patology a biology na straně jedné, a pro výpočetní biology / bioinformatiky na straně druhé. Konečným cílem je samozřejmě to, aby některá z vyvinutých technik našla své uplatnění v každodenní klinické praxi.