Zpracování mikroskopických video sekvencí kardiomyocytů

Instituce: Vysoké učení technické v Brně
Fakulta/ústav: Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Další údaje o pracovišti: Ústav biomedicínského inženýrství
Lektoři: Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D.

Popis:

Téma se zabývá analýzou digitálních video sekvencí kardiomyocytů pořízených optickým mikroskopem s vysokorychlostní kamerou. Řešitel bude mít za úkol seznámit se nejdříve s obecnými principy snímání biologických vzorků pomocí optického mikroskopu a konkrétně s vlastnostmi nasnímaných video sekvencí. Dále bude potřeba nastudovat odbornou literaturu z oblasti digitálních metod zpracování obrazu a zejména se zaměřit na metody segmentace pomocí filtračních a morfologických metod. Předmětem další práce bude praktická programová realizace vybrané metody segmentace kardiomyocytů za účelem odhadu parametrů kontrakce. Realizace bude probíhat ve vybraném programovacím prostředí. Jako data pro analýzu budou sloužit video sekvence, které jsou k dispozici na pracovišti školitele. Odborná literatura k zadanému tématu je téměř všechna k dispozici jen v anglickém jazyce. Po řešiteli projektu se tedy požaduje alespoň středně pokročilá znalost anglického jazyka, dále obecná schopnost orientace v odborné literatuře a rovněž základní programátorské znalosti.