Interakce jaderných proteinů s guaninovými kvadruplexy v regulačních oblastech genomu

Instituce: Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Fakulta/ústav:
Další údaje o pracovišti: Oddelení biofyziky nukleových kyselin
Lektoři: Bc. Denis Šubert
Studenti: Blanka Vrbová - Klvaňovo gymnázium a střední zdravotnická škola Kyjov, příspěvková organizace

Popis:

Za běžných podmínek zaujímá molekula DNA standardní dvoušroubovicovou formu. Avšak za vhodných okolností mohou sekvence bohaté na guanin tvořit neobvyklá uspořádání, tzv. guaninové kvadruplexy (G4). Sekvencí s potenciálem tvořit G4 se v rámci lidského genomu nachází víc než 700 000. Tyto oblasti se vyskytují např. v telomerách nebo i v regulačních oblastech genomu. U některých proteinů byly popsány vazebné motivy pro DNA, tzn. jejich části, které mají schopnost vázat se na DNA, v tomto případě na G4. Mezi tyto nejznámější motivy patří např. zinkové prsty nebo RGG motivy. V rámci tohoto projektu se budeme zabývat interakcemi proteinů s regulačními oblastmi v DNA o různých konformacích. Student bude tyto interakce zkoumat pomocí biochemických a molekulárně biologických postupů.