Vliv použité naváděcí RNA na chybovost systému CRISPR/Cas9

Instituce: Masarykova univerzita
Fakulta/ústav: CEITEC 00216224
Další údaje o pracovišti: Laboratoř Funkční genomiky

Popis:

Objev technologie CRISPR/Cas9 znamenal obrovský převrat v molekulární biologii a genovém inženýrství. V současnosti se používá ve většině molekulárně-biologických laboratoří, ale také se již testuje v klinických studiích pro léčbu některých genetických onemocnění. I přes svoji vysokou specifitu jsou některé CRISPR naváděcí RNA nepřesné a způsobují nežádoucí efekty ve formě modifikace necílených genů. Bylo vyvinuto několik algoritmů predikující naváděcí RNA s co největší specifitou a přesností. Momentálně ovšem není jisté který z nich je nejúčinnější a jak moc „kvalitní“ naváděcí RNA je potřeba, aby se dosáhlo úspěšné modifikace cíle bez nežádoucích efektů. Studentka proto navrhne několik různě „kvalitních“ naváděcích RNA za použití tří nejpoužívanějších algoritmů a tyto naváděcí RNA vnese do buněčné linie. Metodou PCR amplifikace s následným sekvenováním určí účinnost editace ve specifickém i předpovězených nespecifických místech DNA. Tím studentka určí chybovost jednotlivých naváděcích RNA a faktory, které ji podmiňují.