Biochemická analýza komplexu SWI/SNF

Instituce: Masarykova univerzita
Fakulta/ústav: CEITEC 00216224
Další údaje o pracovišti: Laboratoř doc. Richarda Štefla

Popis:

Dedičná informácia je, u väčšiny organizmov, uložená v DNA. Jednu jednotku genetickej informácie nazývame génom. Na to, aby sa funkcia génu prejavila, musí byť najprv prepísaný do molekuly RNA a následne preložený do proteínu. Tieto procesy odborne nazývame transkripcia, respektíve translácia. Väčšina génov je aktívna iba keď je potrebná ich funkcia pre život bunky. Preto je proces transkripcie prísne regulovaný. Jednou z úrovní regulacie je zpôsob, akým sú molekuly DNA zbalené v jadrách buniek. Voľnejšie zbalenie DNA okolo histónových proteínov indikuje aktívny gén, zaťiaľ čo pevnejšie zbalenie naznačuje neaktívny gén. DNA môže prechádzať medzi oboma stavmi v závislosti od vnútorných a vonkajších stimulov. Jedným z hlavných hráčov v procese prechodu medzi formami DNA je molekulárny motor SWI/SNF, ktorý dokáže “otvárať” neaktívne oblasti DNA, čím umožňuje prístup traskripčnej mašinérii a takto aktivovat vypnuté gény. SWI/SNF komplex je preto jedným z najdôležitejších hráčov v tomto procese. Nanešťastie dodnes sa tento komplex nepodarilo úspešne získať a chakterizovať v podmienkach in vitro. Jednou z príčin je neexistencia systému pre expresiu tohto komplexu v cudzorodom hostiteľovi. Naše predbežné dáta ukazujú, že ľudský SWI/SNF komplex je možné, vo svojej základnej podobe, izolovať z hmyzých buniek. Cieľom tohto projektu je preto izolovať SWI/SNF komplex z hmyzých buniek a podrobiť ho detailnej biochemickej charakterizácii.

Študent/tka sa naučí:

(i) základné techniky molekulárnej biológie a biochémie
(ii) pracovať s hmyzými bunkami
(iii) izolovať proteíny z baktérií a hmyzých buniek
(iv) rekonštituovať komplexy medzi DNA a histónmi
(v) charakterizovať proteíny v podmienkach in vitro