Segmentace shluků srdečních buněk

Instituce: Vysoké učení technické v Brně
Fakulta/ústav: Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Další údaje o pracovišti: Ústav biomedicínského inženýrství
Lektoři: Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D.

Popis: Téma se zabývá analýzou digitálních video sekvencí shluků srdečních buněk diferencovaných z embryonálních buněk, tzv. Embryoid Bodies (EB). Řešitel bude mít za úkol seznámit se nejdříve s obecnými principy snímání biologických vzorků pomocí optického mikroskopu a konkrétně s vlastnostmi pořízených digitálních video sekvencí. Dále bude potřeba nastudovat odbornou literaturu z oblasti digitálních metod zpracování obrazu a zejména se zaměřit na metody segmentace a spektrální analýzy. Předmětem další práce bude praktická realizace vybrané metody segmentace kontury buněčného shluku za účelem odhadu parametrů kontrakce s cílem analyzovat vliv při aplikaci léčiva. Realizace bude probíhat ve vybraném programovém prostředí. Jako data pro analýzu budou sloužit video sekvence EB pořízené optickým mikroskopem s vysokorychlostní kamerou. Odborná literatura k zadanému tématu je téměř všechna k dispozici jen v anglickém jazyce. Po řešiteli projektu se tedy požaduje alespoň středně pokročilá znalost anglického jazyka, dále obecná schopnost orientace v odborné literatuře a rovněž základní programátorské znalosti.