Nové telomerové sekvence

Instituce: Akademie věd České republiky
Fakulta/ústav: Biofyzikální ústav AV ČR
Další údaje o pracovišti: SYMBIT
Lektoři: Mgr. Vratislav Peška, Ph.D.
Studenti: Jitka Večeřová - Gymnázium Tišnov, příspěvková organizace

Popis:

Telomery jsou fyzické konce chromozomů. Udržování jejich sekvence a délky je nezbytné pro životaschopnost buněk i celých organizmů. Selhání v telomerách vede například ke zhoubnému bujení nebo naopak k předčasnému stárnutí. Lektor tohoto tématu vyvinul metodu k identifikaci neznámých telomerových sekvencí pomocí moderního sekvenování nové generace (NGS). Tato metoda, nazývaná BAL31-NGS, je založena na celogenomovém sekvenování s malým pokrytím genomu. Úspěšně byla použita při identifikaci telomer u dvou různých skupin rostlin s velkými genomy a malým počtem chromozomů. Existují i další zástupci z rostlinné i živočišné říše, u kterých víme (a to i na základě bioinformatické analýzy veřejně dostupných NGS dat a jiné odborné činnosti středoškolského studenta z předchozího projektu), že jejich telomerová sekvence teprve musí být objevena. Vyvinutá a vyzkoušená metoda BAL31-NGS je skvělou příležitostí, jak za přijatelné finanční náklady získat v tomto směru originální vědecká data, která mohou být publikována a dále využita například při klasifikaci evolučních souvislostí zkoumaných zástupců. Případný zájemce o toto téma se naučí základy práce s NGS daty, izolaci genomové DNA a přípravu vzorku pro sekvenační servis. Nově získaná data samostatně vyhodnotí a bude se podílet na přípravě publikace. Znalost práce s NGS daty může později využít i mimo základní výzkum, v aplikacích medicínského a forenzního typu, které se již nyní stávají běžnou součástí diagnostiky a kriminalistiky.